L'achat d'un local commercial obéit à un régime fiscal distinct du logement. Les droits de mutation (improprement appelés « frais de notaire ») sont de 5,09 % du prix de vente pour un local ancien. C'est inférieur aux 7-8 % habituels du logement car la taxe communale est réduite.
Si le local a moins de 5 ans ou si le vendeur est un professionnel assujetti à la TVA ayant opté pour la TVA sur le prix, la transaction peut être soumise à la TVA immobilière (20 %) au lieu des droits de mutation. Dans ce cas, l'acquéreur (s'il est lui-même assujetti) récupère la TVA : le coût réel de transaction est proche de 0,715 % (taxe de publicité foncière).
Pour l'investisseur en SCI soumise à l'IS, les amortissements du local sont déductibles du résultat imposable (typiquement sur 20-30 ans pour les murs, 10 ans pour les agencements). Cette déductibilité constitue un avantage fiscal structurel par rapport à la location nue en nom propre, mais elle annule l'exonération de plus-value après 22 ans applicable aux particuliers.