Le fonds de commerce est distinct des murs (l'immeuble). On peut vendre les murs sans le fonds, et inversement. Pour l'investisseur immobilier, cette distinction est cruciale : acheter les murs d'une boutique occupée, c'est être bailleur ; acheter le fonds de commerce, c'est devenir exploitant (ou cesser l'activité et revendre le fonds séparément).
La valeur du fonds de commerce dépend principalement du chiffre d'affaires (méthode du pourcentage CA par secteur d'activité), de l'emplacement, et du droit au bail. Un restaurant dans une rue piétonne peut avoir un fonds valorisé à 80-150 % de son CA annuel, tandis qu'un commerce de gros ou un entrepôt aura un multiple bien inférieur.
Lors de l'achat d'un local commercial occupé, il est impératif de distinguer ce qui relève du bail (le loyer payé) et ce qui relève du fonds (la valeur de l'exploitation). La cession du fonds de commerce obéit à un formalisme strict : séquestre du prix chez un tiers, opposition des créanciers pendant 10 jours, déclaration fiscale dans les 45 jours.